Caratterizzazione molecolare delle comunità batteriche in coltivazione tradizionale e sostenibile di olivo

Le diverse pratiche di gestione del suolo sono in grado di influenzare e di stimolare l’attività e la composizione delle comunità batteriche e fungine presenti. Le tecnologie di gestione sostenibili, fondate sull'inerbimento, sull'apporto di ammendanti organici microbiologicamente stabilizzati, sul riciclo dei residui colturali in campo, sulla non-lavorazione hanno come obiettivo quello di incrementare la fertilità chimica e biologica del suolo, sequestrare carbonio atmosferico e creare condizioni di disponibilità nutrizionali contenute opportunamente integrabili con interventi fertilizzanti a basso impatto ambientale (fertirrigazione e concimazione fogliare). L’obiettivo di questo studio è stato quello di comparare, in ambiente semi-arido mediterraneo, in sistema frutticolo pesco e actinidia, l’effetto di pratiche di gestione del suolo innovative e convenzionali sulla composizione e sull’attività delle comunità microbiche telluriche utilizzando una combinazione di tecniche molecolari e microbiologiche. Sono state comparate due tesi: una “innovativa” (non-lavorazione del suolo, fertilizzazione guidata e apporto di matrici organiche,compost e residui di potatura) e una “convenzionale” (lavorazione del suolo, fertilizzazione minerale ordinaria senza apporto di compost e con allontanamento dei residui di potatura). In ciascuna tesi il campionamento dei suoli è stato effettuato a metà febbraio ed ha interessato lo strato 0-20 cm. Il campione di analisi è derivato dalla composizione di 20 sub-campioni. Per il pescheto è stata effettuata anche una distinzione di campionamento tra filari ed interfilari. Il DNA e l’RNA totale sono stati estratti dal suolo mediante un metodo diretto (FastPrep System, MP Biomedicals e RNA Power Soil Total RNA isolation kit, MO BIO). L’RNA estratto è stato retro-trascritto utilizzando il kit RETRO script Reverve Transcription for RT-PCR (AMBION). DNA e c-DNA sono stati amplificati con due differenti coppie di primer: 968F-1401R per amplificare una regione di 500 bp del 16S r-DNA e FF390-FR1-GC per l’amplificazione specifica di una regione di 390 bp del 18S r-DNA. I profili fingerprint del DNA e dell’RNA sono stati visualizzati e comparati mediante gel elettroforesi su gradiente denaturante (DGGE). I profili metabolici delle comunità microbiche (BIOLOG) sono stati valutati inoculando le popolazioni estratte in piastre contenenti 31 diverse fonti di carbonio (ECO-Microplates, BIOLOG).